Puede que esta pregunta sea un poco rebuscada o arbitraria, pero, al contrario de lo que puedan pensar muchos («porque sí, porque en algún sitio tendrá que ir»), hay una explicación más interesante que esa para que la zeta esté relegada al último puesto.

La zeta es el equivalente latino de la dseda o dseta griega (Ζ en mayúscula y ζ en minúscula). En ambos idiomas, esta letra —supuestamente, al menos— representaba el sonido [ts] o [dz] (como en la palabra pizza pronunciada a la italiana, no a la española). En el alfabeto griego, la dseta ocupaba la sexta posición y no la última como lo hace actualmente la zeta.
¿A qué se debe este cambio desde la sexta posición hasta el final del abecedario?
Contenidos del artículo
Muerte y resurrección de la zeta
Esto se debe a las reformas ortográficas de Apio Claudio el Censor (también conocido como «el Ciego», responsable de la construcción de la célebre Vía Apia y del primer acueducto de Roma, el Aqua Appia) a finales del siglo IV a. C.
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Eliminó la letra zeta cuando la primitiva s sonora ([z], como en el inglés zoom), que existía en el periodo más arcaico del latín, evolucionó en posición intervocálica a la vibrante simple /ɾ/ por el fenómeno denominado rotacismo: la s intervocálica pasa a r; por ejemplo, Papisius pasa a Papirius. Este fenómeno ya estaba consumado a mediados del siglo IV a. C.
El del rotacismo es uno de los cambios fonéticos más característicos del latín más antiguo. Tienes un poco de su historia en este vídeo:
Al ser eliminada en este primer momento, el lugar de la ‹z› fue ocupado por la ‹g›. A partir del siglo I d. C., volvió a restablecerse el uso de la ‹z› para reproducir la dseta griega, pero ya no recuperó su puesto originario, ocupado por la ‹g›, sino que se colocó en el último lugar del alfabeto. Algo así como que el que fue a Sevilla perdió su silla.
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Historia posterior de la zeta (y la cedilla)
Sobre por qué la zeta representa (en el español peninsular) el fonema /θ/, es parte de un largo y complejo proceso conocido como reajuste de las sibilantes. Puedes ver un resumen universitario:
Reajuste de las sibilantes castellanas
Hablando de la zeta es casi obligatorio hablar de la famosa (ce) cedilla, que en español estuvo vigente hasta el siglo XVIII. Cayó en desuso, precisamente, por la gran revolución recién mencionada, pues la ‹ç› ya no era necesaria para representar ningún sonido en especial y era redundante con la ‹z›.
¿Y de dónde salió la cedilla? Realmente era una simple ‹z› con un exageradísimo tupé, hasta el punto de que el tupé tomó mayor relevancia que la propia ‹z›. La ‹z› se encogió hasta convertirse en el trazo de debajo, mientras que el tupé llegó a convertirse, espuriamente, en toda una ‹c›; algo así: zc → zc → ç.

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